Nginxの場合、

パーマリンクの仕様に従って設定を合わせる必要があります。

try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
try_files $uri $uri/ /index.php?q=$uri&$args;

どちらかで対応できるかな？

try_files $uri $uri/ /index.php?$args /index.php?q=$uri&$args;

合体させても良いぞ(ㆁᴗㆁ✿)

/post-%post_id%/

try_files $uri $uri/ /index.php?$args;

/%year%/%monthnum%/%postname%/

try_files $uri $uri/ /index.php?q=$uri&$args;

適用例

        location / {
            # パーマリンク
            #try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
            try_files $uri $uri/ /index.php?q=$uri&$args;
(略)

        location ~ .php$ {
            #try_files $uri /index.php;
            try_files $uri $uri/ /index.php?q=$uri&$args;
            #fastcgi_pass unix:/var/run/php-fpm.sock;
            fastcgi_pass   127.0.0.1:9000;
            fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME  $document_root$fastcgi_script_name;
            include fastcgi_params;

            # 変数$mobileをFastCGIサーバーに渡す
            fastcgi_param HTTP_UA_MOBILE_NGINX $mobile;

            fastcgi_cache_bypass $do_not_cache;
            fastcgi_no_cache $do_not_cache;

            fastcgi_cache fzone;
            fastcgi_cache_valid  200 2s;
            fastcgi_cache_valid  any 10d;
        }

サブディレクトリの場合

  ## サブディレクトリ用WordPress
  location ^~ /sub {
      alias /usr/share/wordpress;
      index index.php index.html;

      # WPサブディレクトリパーマリンク
      if (-f $request_filename) {
          break;
      }
      if (!-e $request_filename) {
          rewrite ^.+?(/wp-.*) $1 last;
          rewrite ^.+?(/.*\.php)$ $1 last;
          rewrite ^ /man/index.php last;
      }
      # WPサブディレクトリパーマリンク ここまで

      location ~ ^/sub/(.+\.php)$ {
          alias /usr/share/wordpress/$1;
          fastcgi_index index.php;
          fastcgi_pass  127.0.0.1:9000;
          fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
          include       fastcgi_params;
      }
  }
  ## サブディレクトリ用WordPress ここまで